MTs Negeri 1 Sleman pada mulanya bernama Madrasah Tsanawiyah Negeri Seyegan hingga tahun 2017. Madrasah Tsanawiyah Negeri Seyegan pada awalnya adalah sekolah menengah pertama ( SMP ) Sultan Agung dibawah naungan Al Ma’arif yang berada di Dusun Susukan, Margokaton, Seyegan, Sleman, Yogyakarta.
Adapun yang melatar belakangi berdirinya MTs/SMP Sultan Agung Seyegan adalah sebagai berikut :

  1. Organisasi Nahdatul Ulama ( NU ) yang bergerak dibidang social atau pendidikan lembaga Ma’arif NU, yang ada di Kecamatan Seyegan merasa perlu didirikannya sekolah atau lembaga pendidikan formal, yang bisa menampung warga Nahdliyin, yang tingkat ekonominya menengah ke bawah atau kurang mampu melanjutkan pendidikannya sampai tingkat SLTP.
  2. Lembaga Ma’arif Kecamatan Seyegan sudah memiliki basis siswa tingkat dasar yaitu Madrasah Ibtidaiyah ( MI ) di Dukuh, Margomulyo, Watukarung, Margoagung, dan Susukan.
  3. Didukung penuh oleh masyarakat di wilayah Seyegan dan sekitarnya untuk berdirinya sekolah lanjutan tingkat pertama ( SLTP )